Sjöar med avlopp har sött vatten medan avloppslösa sjöar har vanligtvis saltvatten. Avloppet kan ibland vara underjordiskt. När det inte finns något avlopp, avgår vattnet enbart genom avdunstning, varvid dess salter stannar kvar. Salthalten varierar inte bara mellan olika sjöar, utan även i skilda delar av samma sjö.
Sjöar kan karaktäriseras efter näringsförhållandena. De flitigast använda kategorierna är eutrof, mesotrof eller oligotrof.
Då vattnet från en sjös yta blir kallare ökar dess densitet och således sjunker vattnet till dess att det nått ett skikt av samma temperatur. Eftersom sötvatten når sin största densitet vid 3,98 °C är det vanligen temperaturen i de djupare insjöarnas bottenskikt.
