La mayoría de historiadores creen que la domesticación del maíz se llevó a cabo en los valles de Tehuacán (Puebla) y Oaxaca, en el denominado Eje Neovolcánico. El antropólogo norteamericano Richard Stockton MacNeish encontró restos arqueológicos de plantas de maíz en el Municipio de Coxcatlán en el valle de Tehuacán, que —se estima— datan de hasta hace diez mil años. En las galerías de las pirámides todavía se pueden observar pinturas, grabados y esculturas que representan al maíz.
Los olmecas y los mayas cultivaban numerosas variedades de maíz a lo largo de Mesoamérica y lo preparaban cocinado, molido o procesado a través de la nixtamalización.
Se cree que alrededor del 2500 a.C. comenzó la expansión de los cultivos a través de gran parte de América. La región desarrolló una red de comercio basado en los excedentes y las variedades de cultivos de maíz. Después del contacto europeo con América, a finales del siglo XV y principios del siglo XVI, los exploradores y comerciantes llevaron maíz en su regreso a Europa y así fue introducido a otros países de todo el mundo.
El maíz se extendió al resto del mundo, debido a su capacidad de crecer en climas diversos. Las variedades ricas en azúcar, llamadas maíz dulce se cultivan generalmente para el consumo humano como granos, mientras que las variedades de maíz de campo se utilizan para la alimentación animal, la elaboración de derivados para alimentación humana ( harina, masa, aceite y, mediante fermentación, bebidas alcohólicas como el whisky bourbon) y la obtención de productos químicos como el almidón.
Un influyente estudio de 2002 por Matsuoka et al. ha demostrado que en lugar del modelo de domesticaciones independientes múltiple, todo el maíz surgió de una sola domesticación en el sur de México hace unos 9000 años.Tan solo en el norte de Guatemala y la porción de Yucatán muestran registros de maíz fósil con rangos de edad desde 1500 a 3000 a. C.
El estudio también demostró que los tipos de maíz más antiguos que sobreviven son los de las tierras altas de México. Más tarde, el maíz se extendió de esta región a Sudamérica a lo largo de dos trayectorias principales. Esto es consistente con el modelo basado en el registro arqueológico que sugiere que el maíz se diversificó en las tierras altas de México antes de extenderse a otras culturas de América del Norte, a las tierras bajas de Centroamérica y a Sudamérica.
En el imperio Inca, debido a la importancia que tenía el maíz, se utilizó para realizar ofrendas en las ceremonias religiosas.
