El nombre Ghibli fue elegido por Hayao Miyazaki y deriva de la palabra italiana «ghibli», basada en el nombre del viento cálido del desierto que sopla en Libia. También hace referencia a un avión italiano, el Caproni Ca.309 Ghibli. Aunque la palabra en italiano se translitera ギブリ (Giburi), el nombre en japonés del estudio es ジブリ (Jiburi).
Fundado en 1985, está dirigido por el galardonado director Hayao Miyazaki junto a su amigo y mentor, Isao Takahata. Sus orígenes datan de 1983, con la película Nausicäa del Valle del Viento, la cual comenzó como un manga en una publicación de la revista Tokuma Shoten. Tokuma era la compañía " madre " de Ghibli, y cedió a Disney los derechos de video y distribución de varias películas; entre ellas La princesa Mononoke y El viaje de Chihiro. El compositor Joe Hisaishi ha creado la banda sonora para muchas de las películas del Studio Ghibli.
Debido a la fama de los estudios se abrió en las afueras de Tokio el Museo Ghibli. El 1 de septiembre de 2013, el director de cine y cofundador de la compañía, Hayao Miyazaki, anunció su retirada a través de un comunicado oficial.
El 3 de agosto de 2014, Toshio Suzuki, productor del estudio y uno de los fundadores del estudio, anunciaba que clausuraban su sección de producción de largometrajes. Uno de los factores que provocaron esta decisión es la retirada del director de cine Hayao Miyazaki, otro de los fundadores del estudio, que según las declaraciones, fue un duro golpe su salida; junto con la jubilación del cineasta, se cree que la regular recepción de taquilla de Kaguya Hime no Monogatari, la última obra dirigida por Isao Takahata, ha sido también un motivo. El Studio Ghibli siguió con sus licencias hasta acabar un proceso de reestructuración.
El 10 de agosto de 2017, el estudio reabrió sus puertas.
A pesar de que Nausicaä del Valle del Viento a menudo se considera como una película de Studio Ghibli, fue producida y lanzada antes de la fecha oficial de fundación del estudio.
