En Mystic Messenger, el jugador toma el rol de un personaje femenino cuyo nombre no está predeterminado y se le puede cambiar en cualquier momento. El personaje principal femenino, a menudo también llamada MC, heroína, o sencillamente protagonista, descarga una aplicación misteriosa que la lleva a vivir en un apartamento cerrado y protegido, propiedad de una persona llamada Rika, que es también la fundadora de una organización caritativa conocida como RFA (Rika's Fundraising Association). Gracias a la aplicación la protagonista conoce a seis personas nuevas (Los miembros restantes de RFA) y se le encarga organizar la tercera fiesta de la asociación, para lo cual debe mandar correos electrónicos a distintas personas para que quieran acudir y aportar su dinero. La protagonista, además, puede escoger a uno de los seis intereses amorosos disponibles, cada cual con su propia ruta e historia, y con cada una de ellas se irá descubriendo más información sobre RFA y la verdad que se oculta tras los misteriosos acontecimientos en el juego.
El juego está dividido en varias partes:
Historia original: Aquí es donde se progresa con el juego. Se pueden seleccionar tres modos de juego : Casual Story ( Historia Casual ), Deep Story ( Historia Profunda) y Another Story (Otra Historia ). Jugando a la Casual Story se puede conseguir las rutas de Zen, Yoosung, o Jaehee, en la Deep Story la elección es entre 707 o Jumin y en la Another Story entre V o Ray.En la historia original encontramos:
Sala de chat
Aquí es donde tiene lugar la conversación principal y donde todas las elecciones del jugador afectan a la trama. En algunos momentos de las rutas podemos encontrar también partes en estilo novela visual narrados en primera o tercera persona.
Mensajes de textoToma la forma de un sistema normal de mensajería. Es solamente un añadido que proporciona más diversión, puesto que realmente las elecciones hechas aquí no afectan a la trama. No obstante, el jugador puede obtener corazones, corazones rotos, o nada, dependiendo de lo que se elija responder.
