Se creó y se incluyó en el programa olímpico por el Comité Olímpico Internacional en 1909, siendo una iniciativa personal de Pierre de Coubertin, el creador de los juegos olímpicos modernos y entonces presidente del COI. Debutó en los Juegos Olímpicos de Estocolmo 1912, gracias al comité organizador de dichos juegos olímpicos, y se ha incluido en todos los juegos olímpicos hasta la actualidad.
El pentatlón moderno es también un deporte simbólico del evento, ya que los cinco anillos olímpicos del símbolo olímpico,están inspirados en las cinco pruebas del pentatlón moderno.[nota 1]
El pentatlón de la antigüedad, introducido en los juegos olímpicos de la decimooctava olimpiada, en 708 a. C., proporcionaba a su ganador una posición única en los juegos, con el rango de «victor ludorum» («ganador de los juegos »). Al igual que en el pentatlón de la antigüedad, en el que las cinco pruebas de que constaba (carrera de un estadio, lucha, salto de longitud con halteras, lanzamiento de jabalina y lanzamiento de disco ) estaban en función de las habilidades que debía de tener un guerrero en la antigüedad, Pierre de Coubertin consideró actualizar dicha disciplina deportiva trayéndola al mundo moderno y proporcionando así una « innovación moralizante y pedagógica» que buscara encontrar al atleta completo.[nota 2][nota 3] Eligió las pruebas para el pentatlón moderno de acuerdo a las competencias que pensaba que debería de reunir idealmente un oficial de enlace del siglo XIX tras las líneas enemigas, el cual, derribado su caballo, monta un caballo desconocido, se defiende con su espada, se protege con su pistola, y escapa franqueando un río a nado y desplazándose a la carrera campo a través la última parte de su camino.[nota 4] Así, el pentatlón moderno constaría de cinco pruebas: tiro deportivo ( pistola ), esgrima, natación, salto ecuestre y carrera a pie campo a través, aunque el orden de las pruebas, el número de jornadas en que se disputa y su sistema de puntuación han variado a lo largo del tiempo.
El pentatlón moderno se incorporó al programa olímpico en los Juegos Olímpicos de Estocolmo 1912, originalmente exclusivo en su modalidad masculina. La competición masculina por equipos se añadió en los Juegos Olímpicos de Helsinki 1952 y continuó hasta los Juegos Olímpicos de Barcelona 1992, siempre formados por tres competidores. La competición femenina individual se inició en los Juegos Olímpicos de Sidney 2000.
Lo que si ha cambiado a lo largo de la historia ha sido el orden de las pruebas y el número de días en que se disputa. Se celebró en seis jornadas en los Juegos Olímpicos de Estocolmo 1912 y en los Juegos Olímpicos de París 1924; en cuatro jornadas en Juegos Olímpicos de Amberes 1920; y en cinco jornadas desde Juegos Olímpicos de Ámsterdam 1928 hasta Juegos Olímpicos de Moscú 1980, dedicando un día para cada una de las cinco pruebas. Se volvió a las cuatro jornadas y se introdujo el sistema de handicap en la puntuación desde los Juegos Olímpicos de Los Ángeles 1984 hasta los Juegos Olímpicos de Barcelona 1992, para acortar los tiempos entre pruebas y luchar contra el dopaje deportivo de los competidores. A partir de los Juegos Olímpicos de Atlanta 1996 se realiza el concurso completo en una única jornada, en este caso de cara a aumentar su imagen comercial. A pesar del gran pedigrí de este deporte en los Juegos Olímpicos modernos, y de su estatus como el único deporte creado específicamente para los Juegos Olímpicos Modernos, en 2002 el COI daba como argumentos para su retirada del programa olímpico la falta de participación global de los países e individualmente de los pentatletas, deporte que conlleva un poder adquisitivo monetario significativo lo va en detrimento de su práctica, alta complejidad operativa y relativamente baja cobertura mediática. Sin embargo, el COI, en su reunión celebrada el 8 de julio de 2005, decidió mantenerlo en el programa olímpico gracias a un voto, al menos hasta los Juegos Olímpicos de Londres 2012. La revisión y modificación del reglamento de las pruebas en 2008, incorporando una prueba combinada, se realizó con el fin de captar nuevos practicantes, aficionados, públicos y audiencias a este deporte y así mantenerlo en el programa olímpico.
Los primeros dominadores del pentatlón moderno fueron los suecos, desde 1912 hasta 1956, excepto en 1936 en que ganó un alemán.
