Η Ακαδημία ιδρύθηκε στην Αθήνα γύρω στο 387 π.Χ. από τον Πλάτωνα, μετά το πρώτο ταξίδι του (398-390 π.Χ.) στη Σικελία. Βρισκόταν σε ένα άλσος της Ακαδήμειας, προαστίου των Αθηνών αφιερωμένου στον Αθηναίο ήρωα Ακάδημο, από το όνομα του οποίου και προήλθε η ονομασία της. Ο χώρος θεωρείτο ιερός, επειδή κατά τον μύθο ο Θησέας είχε κρύψει εκεί την Ελένη και από σεβασμό για την μακρά παράδοση και την ταύτισή του με τους Διόσκουρους, οι Σπαρτιάτες δεν τον κατέστρεψαν όταν εισέβαλαν το 413 π.Χ. στην Αττική.
Γενικά
Η Ακαδημία συνέχισε να λειτουργεί σε όλη την ελληνιστική περίοδο, για να διακοπεί η λειτουργία της για τέσσερα χρόνια κατά τον Πρώτο Μιθριδατικό Πόλεμο και την φυγή του Φίλωνα της Λάρισας το 88 π.Χ. στη Ρώμη. Έκλεισε οριστικά το 529, μετά από σχεδόν 10 αιώνες συνεχούς παρουσίας, καταργούμενη από τον Βυζαντινό αυτοκράτορα Ιουστινιανό.
Ο Διογένης Λαέρτιος διαιρεί την ιστορία της Ακαδημίας σε τρεις περιόδους: την Παλιά, τη Μέση, επικεφαλής της οποίας ορίζει τον Αρκεσίλαο και τη Νέα, με πρώτο τον Λακύδη.
Από την ίδρυσή της και μέχρι τις αρχές του πρώτου αιώνα π.Χ. η Ακαδημία λειτουργούσε χωρίς προβλήματα, ωστόσο όταν άρχισε το 88 π.Χ. ο Πρώτος Μιθριδατικός Πόλεμος, ο Φίλων ο Λαρισαίος εγκατέλειψε την Αθήνα και κατέφυγε στη Ρώμη, όπου φαίνεται να παρέμεινε μέχρι τον θάνατό του. Το 86 π.Χ. ο Λεύκιος Κορνήλιος Σύλλας πολιόρκησε την Αθήνα, προκαλώντας μεγάλη καταστροφή. Κατά τη διάρκεια της πολιορκίας «έβαλε τα χέρια του πάνω στα ιερά άλση και λεηλάτησε την Ακαδημία που ήταν τοποθετημένη στα πιο δασώδη προάστια της πόλης, καθώς και το Λύκειο».
Η καταστροφή της Ακαδημίας φαίνεται να ήταν τόσο σοβαρή, ώστε η ανακατασκευή και επαναλειτουργία της ήταν σχεδόν αδύνατη.
