Klasicky se botanika dělí na:
všeobecnou či teoretickou, která studuje obecné a společné aspekty rostlin,
speciální, která se zabývá jednotlivými rody a druhy,
aplikovanou, jež se zabývá využitím rostlin v hospodářství, zahradnictví a ochraně prostředí.Podle podobných otázek a metod lze rozlišit pět hlavních oblastí uvnitř botaniky:
morfologie rostlin:
morfologie v užším smyslu – vnější stavba rostlin
anatomie rostlin, – vnitřní stavba rostlin
histologie – nauka o tkáních
cytologie – jemná stavba buněk
fyziologie rostlin zkoumá obecné funkce a procesy
fyziologie látkové výměny
fyziologie vzruchů a pohybů
Vývojová fyziologie
ekofyziologie rostlin studuje ekologická přizpůsobení rostlin
systematika rostlin
taxonomie – uspořádání systému rostlin
paleobotanika
archeobotanika
geobotanika
fytocenologie (rostlinná sociologie)
floristika – studium druhů na určitém území
chorologie (studium areálů)
historicko-genetická geobotanika
ekologie rostlin
botanika v poli – sbírání vzorků, pokusné pěstování
aplikovaná botanika
agrobotanika
dendrologie
fytofarmakologie a fytoterapie
herbologie
lesnická botanika
pomologie
rostlinolékařství (fytopatologie)
Název botanika, odvozený z řeckého botané (tráva, pastvina) a botaniké techné, svědčí o tom, že nevznikla jako spekulativní věda, nýbrž technika či umění zacházet s rostlinami, zejména užitkovými a léčivými. Rostliny a jejich plody byly dlouho hlavní potravou člověka a téměř jediným prostředkem léčitelů, kteří shromažďovali a předávali znalosti o jednotlivých druzích rostlin a jejich léčebném použití. První známý náznak nějaké teorie rostlin zaznamenal Aristotelův žák a nástupce ve vedení jeho školy Theofrastos, ale ještě o 3 století mladší lékař Pedanius Dioscorides shromáždil své znalosti o asi 600 léčivých rostlinách ve spise Materia medica. Dioskoridův spis se hojně opisoval a zůstal hlavní autoritou ohledně rostlin až do 16. století.
V pozdním středověku se rostlinopisné znalosti staly součástí lékařského studia a při univerzitách se začaly zakládat botanické zahrady, až do 18.
