Medusa a fost ucisă de eroul Perseus cu ajutorul Atenei și al lui Hermes. A ucis-o tăindu-i capul, iar abilitățile de pietrificare s-au conservat până în momentul când a fost înmânat Atenei, care l-a întipărit pe egida ei, purtată drept platoșă. Din corpul neînsuflețit al Medusei au răsărit gigantul Chrysaor și calul înaripat Pegas, rezultați în urma unirii sale cu Poseidon.
În Antichitatea clasică, imaginea Medusei a fost folosită ca și dispozitiv apotropaic sau de înlăturare a spiritelor rele, cunoscut sub numele de Gorgoneion.
Cele trei gorgone — Medusa, Stheno și Euryale— erau fiicele zeităților marine Phorcys (sau "Phorkys") și ale surorii sale, Ceto (sau "Keto"), monștri htonici. Genealogia lor este împărțită cu cea a Graielor, după cum prezinta Eschil în Prometeu înlănțuit:
Lângă ele, cele trei surori, înaripatele Gorgone
Cu șerpi în loc de par - disprețuind muritorul—
Unele referințe clasice consideră Gorgonele ca fiind un trio; Jane Ellen Harrison consideră că triplarea Medusei în formula celor 3 surori este o parte secundară a mitului:
În cea de-a unsprezecea Odisee, Homer nu o indică în mod specific pe Gorgona Medusa:
În timp ce meșteșugarii antici greci o reprezentau pe Medusa și surorile sale ca fiind sub o formă monstruoasă, sculptorii și lucrătorii în ceramică din secolul V începuseră să o prezinte ca fiind frumoasă și înspăimântătoare totodată. Într-o odă scrisă în 490 î.Hr, Pindar o descria ca fiind "Medusa cu obraji albi".Într-o versiune târzie a mitului Medusei, relatată de către poetul roman Ovidiu (Metamorfoze 4.770), Medusa era inițial o tânără fecioară foarte frumoasă, "aspirația multor pețitori", însă pentru că Poseidon a violat-o în templul Atenei, zeița a fost atât de furioasă, încât a transformmat-o pe tânără într-un monstru cu șerpi în loc de păr și a făcut în așa fel încât chipul ei să pietrifice pe oricine o privește.
