Nel momento in cui l'agente di condotta porta il treno in una condizione di marcia non sicura, l'SCMT protegge la marcia del treno prima segnalando al PdM la condizione di pericolo e, se non ci sono interventi degli agenti di condotta che eliminino le incongruenze, azionando automaticamente la frenatura di emergenza fino ad arrivare all' arresto del convoglio.
Le boe standard europee di tipo "eurobalise" che dialogano e interagiscono con il sistema presente a bordo dei treni sono poste, per quanto riguarda i segnali imperativi che il treno deve rispettare, in corrispondenza di questi ultimi, mentre i segnali di avviso puri hanno sia delle boe in corrispondenza del segnale, sia delle boe prima del segnale che funzionano da "annuncio o approccio". Quando il treno supera un segnale di avviso disposto al giallo (avviso di via impedita del successivo segnale di prima categoria) il sistema fornisce al computer di bordo del treno una serie di informazioni, come ad esempio l'aspetto del segnale incontrato e la distanza di quello successivo. In questo modo il computer di bordo è in grado di tracciare una curva teorica di frenatura, con la quale riesce a valutare la velocità massima che il convoglio deve avere in fase di avvicinamento al successivo segnale disposto a via impedita (il sistema valuta automaticamente anche la distanza che sta percorrendo il convoglio) e se la velocità è eccessiva segnalarlo al personale di condotta.
Normalmente il controllo della velocità viene effettuato solo fino a quando questa è superiore a 30 km/h; al di sotto di questa velocità avviene il cosiddetto "rilascio del treno ", in quanto viene considerato che lo spazio di frenatura di un convoglio che viaggia a tale velocità è tale da arrestare in pochi metri il convoglio anche in caso di superamento di un segnale a via impedita per malore o errore del personale di condotta. Nel caso in cui, invece, il convoglio stia avanzando su un binario tronco o ingombrato, la velocità viene controllata fino al completo arresto del treno grazie a tre boe che controllano che essa sia inferiore prima a 30, poi a 15 e infine a 5 km/h.
Il sistema di tipo discontinuo puntiforme, grazie alla sofisticata serie di informazioni che da terra trasmette ai computer di bordo dei rotabili ( informazioni relative alle caratteristiche proprie del singolo punto informativo), riesce a creare una " catena di appuntamenti" (ogni boa, oltre alle sue informazioni, fornisce anche la posizione e la distanza della prima boa che si incontrerà successivamente) e l'elaborazione fatta dal sottosistema di bordo lo fa equiparare nei fatti ad un sistema continuo. Per far sì che le informazioni trasmesse da terra siano sempre presenti, il sistema è completamente ridondante: ogni punto informativo è composto da due boe eurobalise. La doppia boa garantisce anche che le informazioni che vengono acquisite dal treno siano effettivamente quelle a lui pertinenti e non quelle relative ad un altro treno, per esempio uno che viaggi sul binario di verso opposto; infatti, se venissero acquisite le informazioni di due boe in ordine inverso, vorrebbe dire che il treno sta dialogando con quelle del binario a fianco, e il sottosistema di bordo escluderebbe le informazioni ricevute ( problema del dialogo incrociato, o cross-talk).
