L'utente ha la possibilità di personalizzarne il nome (che non viene mai pronunciato all' interno dei giochi ), l'aspetto fisico (incluso il sesso), l'inclinazione caratteriale e la storia pre-arruolamento, oppure di utilizzarne le caratteristiche predefinite. In base alle sue decisioni, poi, Shepard guadagnerà punti da eroe o da rinnegato che influenzeranno le successive interazioni con altri personaggi.
L'aspetto fisico predefinito, interamente personalizzabile, è quello del supermodello olandese Mark Vanderloo.
Il profilo psicologico predefinito è invece quello di un sopravvissuto: Shepard è l'unico superstite di una missione andata terribilmente male. Intrappolato in una situazione estremamente pericolosa sul pianeta Akuze, una colonia umana, ha dovuto superare dolori fisici e psicologici che avrebbero distrutto chiunque altro, ed ora è l'unico in grado di raccontare questa storia. Ma a seconda delle scelte adottate dal giocatore in fase di creazione del personaggio può, in alternativa, essere un eroe di guerra che ha salvato un'intera colonia umana da un improvviso e schiacciante attacco alieno su Elysium, rischiando la sua stessa vita per i suoi compagni, oppure un esecutore di ordini freddo e spietato, che durante la sua carriera militare ha imparato a portare a termine le sue missioni a qualsiasi costo.
La scelta influenza l'attribuzione iniziale di una certa quantità di punti da eroe o rinnegato: nel primo caso non vengono assegnati punti, nel secondo verranno assegnati punti da eroe e nell'ultimo punti da rinnegato.
Secondo il codex, Shepard nasce l'11 aprile 2154.
Per scelta predefinita il protagonista è un orfano, cresciuto sulle strade di una delle grandi metropoli della Terra imparando a badare a se stesso, che all' età di 18 anni ha deciso di abbandonare la sua vita di espedienti e di arruolarsi nell'Alleanza dei Sistemi in cerca di un futuro migliore.