Secondo la tassonomia proposta da Robert Whittaker nel 1969, assieme alle cosiddette " alghe azzurre" o "cianoficee", oggi più correttamente chiamate cianobatteri, i batteri costituivano il regno delle monere.
La classificazione proposta da Thomas Cavalier-Smith (2003) riconosce invece due domini: Prokaryota (comprendente i regni archaea e bacteria) ed Eukaryota (comprendente tutti gli eucarioti, sia monocellulari sia pluricellulari).
Alcuni batteri vivono a spese di altri organismi e sono responsabili di danni più o meno gravi all´ uomo, alle piante e agli animali. Nell´ uomo provocano, per esempio, malattie quali la peste, il colera, la lebbra, la polmonite, il tetano, la difterite e il tifo, fino a cento anni fa incubo di molte famiglie e oggi efficacemente combattute con l´uso dei farmaci.
I procarioti si distinguono quindi in due gruppi principali:
archaea, archaeobacteria vivono spesso in situazioni di temperatura e pH molto inospitali, hanno caratteristiche (metaboliche, genetiche, strutturali) differenti da batteri (eubatteri) ed eucarioti. Secondo le recenti classificazioni, non fanno parte del regno dei batteri.
bacteria, batteri; alcuni gruppi sono i micoplasmi, le rickettsie, gli attinomiceti, le spirochete, le pseudomonas e gli azotofissatori.Fra loro si distinguono per forma in
Bacilli: a forma di bastoncino; si dividono in Clostridia (anaerobi) e Bacilli (anaerobi e/ o aerobi)
Cocchi: sferici; se si dispongono a coppia si chiamano diplococchi, a catena si chiamano streptococchi, a grappolo si chiamano stafilococchi, a forma di cubo si chiamano sarcine
Vibrioni: a virgola
Spirilli: a spirale
Spirochete: con più curveUn'altra importante suddivisione è quella che li raggruppa secondo l'optimum di temperatura alla quale possono crescere.
Per questa suddivisione si hanno, tre sottoclassi:
batteri criofili o psicrofili
batteri mesofili
batteri termofiliUna classificazione è basata sulla loro relazione rispetto a un organismo :
Batteri commensali (simbionti), batteri che sono normalmente presenti sulla superficie di un determinato tessuto, senza causare malattia e/ o possono svolgere funzioni che possono essere utili all'organo stesso.
