A játékosok irányítják Ayano Aishit (becenevén Yandere-chan), egy apátikus japán középiskolás lányt, aki összetörni kezdett Taro Yamada társtulajdonostól, beceneve "Senpai". Tíz játékon belüli hét folyamán tíz másik hallgató megpróbál kapcsolatot létesíteni Senpával, és Ayano-nak meg kell akadályoznia ezt.
Yandere jellegének köszönhetően a játékos ezt különféle módszerekkel valósíthatja meg, kezdve a békétől az erőszakig, beleértve a mérkőzés, a barátság, az árulás, a pletykák, a kiutasítás, a felkészítés, az emberrablás, az áramütés, zúzás, mérgezés, fulladás, égés, gyilkosság, hamis öngyilkosság, öngyilkosság ösztönzése, gyilkosság – öngyilkosság kínzás után és egyéb rivális-specifikus kiküszöbölési módszerek, valamint egyszerű, a játék során látott fegyverekkel - például konyhai kés, körleveles, baseball ütővel és katanával - történő egyszerű eltávolítási módszerek,. A játék során Ayano támogatásban részesülhet egy „információ-chan” nevű információs brókertől, aki fegyverekkel, tervekkel, tárgyakkal és egyéb kedvezményekkel látja el a harisnyatartókat, információkat és zsarolás anyagokat.
Ayano-nak azt is el kell kerülnie, hogy tanúja legyen bűncselekmények elkövetése közben, vagy olyan büntetéseket szenvedjen, mint például a jó hírnév elvesztése, amely megnehezíti a többi diák számára a bizalmat, csökkenti az olyan józanságot, amely elriasztja Senpát és akadályozza a bűncselekmények körültekintő végrehajtásának képességét, az azonnali játékhoz Senpai elkapta azért, mert körülötte gyanúsan viselkedett, elkövette az általa elkövetett bűncselekmény miatt, vagy pedig a hallgatók vagy a tanárok elfogták őket. A hallgatók meggyilkolása szankciókat vonhat maga után az „Iskolai légkör” számára, amely megváltoztatja az NPC viselkedését gyanúsabbá és szorongássá válóvá, olyan cselekedetekkel, mint például a szekrények bezárása. Ez idő alatt csatlakozhat iskolai klubokhoz és órákba járhat, hogy olyan kiegészítő képességeket szerezzen, mint például a fegyverekhez való könnyű hozzáférés, a gyanú elkerülésének fokozott képességei vagy a többi elemhez való könnyű hozzáférés.