Efter flera veckor i Filippinerna hade Magellan konverterat så många som 2 200 lokalbefolkning till kristendomen, inklusive Rajah Humabon från Cebu och de flesta ledarna på öarna runt Cebu.[27] Men Lapulapu, ledaren för Mactan, [28] motsatte sig konvertering.[29][30] För att vinna Rajah Humabons förtroende,[31][32] seglade Magellan till Mactan med en liten styrka på morgonen den 27 april 1521. Under den resulterande striden mot Lapulapus trupper, träffades Magellan av ett bambuspjut, och senare omringad och avslutad med andra vapen.[33] Antonio Pigafetta och Ginés de Mafra tillhandahöll skriftliga dokument om händelserna som kulminerade i Magellans död: När morgonen kom hoppade fyrtionio av oss i vattnet upp till låren och gick genom vattnet i mer än två armborstflygningar innan vi kunde nå stranden. Båtarna kunde inte närma sig närmare på grund av vissa stenar i vattnet.
