Η Βοτανική καλύπτει ένα ευρύ φάσμα επιμέρους επιστημονικών κλάδων που μελετούν την ανάπτυξη, την αναπαραγωγή, το μεταβολισμό, την μορφογένεση, τις ασθένειες, και την εξέλιξη των φυτών με συνέπεια να εμφανίζει πολλούς υποδεέστερους κλάδους όπως:
Συστηματική βοτανική, με κύριο αντικείμενο την ταξινόμηση των φυτών.
Βοτανική μορφολογία, η οποία διακρίνεται στους επιμέρους ακόμα κλάδους, τη Φυτική κυτταρολογία, τη Φυτική ιστολογία και τη Φυτική οργανογραφία.
Βοτανική φυσιολογία, που εξετάζει τις λειτουργίες των διαφόρων οργάνων των φυτών.Ένας νεότερος επίσης σπουδαίος κλάδος είναι η Φυτογεωγραφία με πολλά σύνθετα αντικείμενα έρευνας και μελέτης.
Παράλληλα δημιουργήθηκαν και πολλοί κλάδοι εφαρμοσμένης βοτανικής όπως τυγχάνουν η Φυτοπαθολογία, η Φυτοφαρμακογνωσία, η Δασική βοτανική, η Γεωπονική βοτανική κ.ά.π.
Όπως οι υπόλοιπες μορφές ζωής στη βιολογία, το φυτικό βασίλειο μπορεί να μελετηθεί σε ποικιλία επιπέδων, από το μοριακό, στο γενετικό και βιοχημικό επίπεδο δια μέσου των κυτταρικών οργανιδίων, κυττάρων, των ιστών, των οργάνων, των μεμονωμένων φυτών, των πληθυσμών και των βιοκοινοτήτων φυτών. Σε καθένα από αυτά τα επίπεδα ένας βοτανολόγος μπορεί να ασχοληθεί με την ταξινόμηση (ταξινομική), τη δομή (ανατομία), ή τις λειτουργίες (φυσιολογίας) των φυτών.
Ιστορικά, οι βοτανολόγοι μελετούσαν ως «φυτά» όλους τους οργανισμούς που δεν αναγνωρίζονταν γενικά ως ζώα. Μερικοί από αυτούς τους «φυόμενους» οργανισμούς περιελάμβαναν και τα φύκη (μελετώνται στη φυκολογία), τους μύκητες (μελετώνται στη μυκητολογία), τα βακτήρια και τους ιούς (και οι δύο μελετώνται στη μικροβιολογία).
