Kahlo werd geboren in Coyoacán, tegenwoordig een wijk van Mexico-Stad. Haar moeder was Matilde Calderón. Haar vader Guillermo (Wilhelm) Kahlo zou een Duitstalige Jood van Hongaarse afkomst zijn. Hij had zes dochters, waarvan twee uit zijn vorig huwelijk met María Cardena. Hij werkte als fotograaf, vooral van architectuurwerken en onder meer voor de regering van Porfirio Díaz, waarbij hij goed de kost verdiende. Na de Mexicaanse Revolutie had hij moeite om de eindjes aan elkaar te knopen.In 1913 werd Frida op zesjarige leeftijd getroffen door kinderverlamming aan haar rechterbeen. Dit was de bron van een aantal complexen die ze haar hele leven zou meedragen. Het enige naakt van haar dateert uit 1930 en toont haar zittend op een stoel, haar magere been onder het andere, zodat haar handicap niet opvalt. Het is geschilderd door haar echtgenoot Diego Rivera.
