Az ökoszisztéma az ökológia egyik központi fogalma. A hazai és a nemzetközi szaknyelvi jelentése jelentősen eltér egymástól, ami számos félreértés forrása lehet. A hazai ökológiai szaknyelvben az ökoszisztéma az ökológiai jelenségek értelmezése, vizsgálata céljából, (az ökológiai kutatómunka során) létrehozott rendszermodell. A nemzetközileg elfogadott meghatározás szerint azonban a társulás (biocönózis) és az élőhely (biotóp) együttese.
Ökoszisztémaként nagyon sokféle valós rendszer vizsgálható. Ökológiai rendszermodellt egy akvárium élőlényegyüttesére, egy Petri-csészében szaporodó baktériumok populációjára vagy akár a bioszféra egészére is felírhatunk. A modell azonban mindig egy leegyszerűsítést, lényegkiemelést jelent, így a modell viselkedése sohasem teljesen azonos a vizsgált objektum viselkedésével.
Az ökoszisztéma-modellek a kiválasztott ökológiai rendszer és környezete kapcsolatát vizsgálják.
Ökoszisztémákat biomatematikai és bioinformatikai kutatómunka eredményeképpen környezeti információs rendszerek keretében készítenek el.
