Ökoszisztéma szerkezet - egyadott rendszer, az ökoszisztéma alkotóelemeinek megoszlása és ezek közötti összefüggések.
Bizonyos fajok organizmusait a rendszer legkisebb elemének tekintik. A fajok sajátos ökológiai réseket foglalnak magukban, amelyeket az organizmusoknak megfelelő abiotikus és biotikus tényezők sorozatának tekintnek (pl. Fajok közötti kapcsolatok, fajspecifikus verseny, függőség az állományokban). Az ugyanazon a területen élő különböző fajok populációi együttesen biocenózist hoznak létre, amely az élőhelyétől függ, és ugyanakkor formálja azt, biotópot hozva létre. A biocenózis-biotóp rendszer általában csúcspontjává válik, amelyben elérik a biocenotikus egyensúlyt - az optimális szerkezet a fajok típusa, valamint populációik száma és eloszlása szempontjából. A fenntartható ökoszisztémát termodinamikailag zárt rendszerként (zárt ökológiai rendszerként) kezeljük. Egyilyen rendszerben az anyag kering az energia kívülről történő beáramlása miatt, leggyakrabban napsugárzás formájában (fotoszintézis). Az energiát meleg módon adják ki.