Μετά από αρκετές εβδομάδες στις Φιλιππίνες, ο Μαγγελάνος είχε μετατρέψει στο Χριστιανισμό έως και 2.200 ντόπιους, συμπεριλαμβανομένου του Rajah Humabon του Cebu και των περισσότερων ηγετών των νησιών γύρω από το Cebu.[27] Ωστόσο, ο Lapulapu, ο ηγέτης του Mactan,[28] αντιστάθηκε στη μεταστροφή.[29][30] Προκειμένου να κερδίσει την εμπιστοσύνη του Rajah Humabon,[31][32] ο Magellan έπλευσε στο Mactan με μια μικρή δύναμη το πρωί της 27ης Απριλίου 1521. Κατά τη διάρκεια της μάχης που προέκυψε κατά των στρατευμάτων του Lapulapu, ο Magellan χτυπήθηκε από ένα δόρυ από μπαμπού και αργότερα περικυκλώθηκε και τελείωσε με άλλα όπλα.[33] Ο Antonio Pigafetta και ο Ginés de Mafra παρείχαν γραπτά έγγραφα των γεγονότων που κορυφώθηκαν με τον θάνατο του Μαγγελάνου: Όταν ήρθε το πρωί, σαράντα εννέα από εμάς πήδηξαν στο νερό μέχρι τους μηρούς μας και περπατήσαμε μέσα στο νερό για περισσότερες από δύο πτήσεις με βαλλίστρα πριν προλάβουμε να φτάσουμε στην ακτή. Οι βάρκες δεν μπορούσαν να πλησιάσουν πιο κοντά λόγω ορισμένων βράχων στο νερό.
