Ο Τρυποφράχτης είναι στρουθιόμορφο πτηνό της οικογενείας των Τρωγλοδυτιδών, που απαντά και στον ελλαδικό χώρο. Η επιστημονική ονομασία του είδους είναι Troglodytes troglodytes και περιλαμβάνει 41 υποείδη.Στην Ελλάδα απαντούν τα υποείδη Troglodytes troglodytes troglodytes (Linnaeus, 1758) και Troglodytes troglodytes cypriotes (Bate, 1903).
Ονοματολογία
Η επιστημονική ονομασία, τόσο του γένους όσο και του είδους, είναι ελληνική: τρωγλοδύτης < τρώγλη + δύω «βυθίζομαι» και παραπέμπει ευθέως στη συνήθεια του πτηνού να κρύβεται καλά στην πυκνή βλάστηση και σε σχισμές, όταν ψάχνει για την τροφή του ή για να κουρνιάσει. Το ίδιο ισχύει και για την ελληνική λαϊκή ονομασία του και, τη συνήθειά του να κρύβεται στους φράχτες.
Συστηματική ταξινομική
Το είδος περιγράφηκε για πρώτη φορά, το 1758, από τον Λινναίο, στη Σουηδία, ως Motacilla troglodytes. Η ταξινομική του πτηνού είναι προβληματική, σε διάφορα επίπεδα. Επειδή περιλαμβάνει πλείστα υποείδη, έγιναν επισταμένες μελέτες που βασίστηκαν σε μορφολογικά, βιογεωγραφικά και μοριακά δεδομένα. Προτάθηκε, όχι μόνον ο διαχωρισμός των υποειδών σε 3 διαφορετικές ομάδες, που θεωρήθηκαν ως ξεχωριστά υποείδη, αλλά και η εισαγωγή ενός νέου γένους (Nannus) για να «στεγάσει» κάποια από αυτά. Η κατάσταση έγινε εξαιρετικά περίπλοκη, οι επιστήμονες διχάστηκαν και, μέχρι σήμερα δεν έχει δοθεί λύση στο πρόβλημα, διότι άλλοι φορείς δέχονται αυτές τις αλλαγές (ITIS, AOU), ενώ άλλοι θεωρούν τα νέα δεδομένα ανεπαρκή για να στηρίξουν αυτές τις αλλαγές (IUCN, IBC, BirdLife International).Στο παρόν λήμμα ακολουθείται η κατά Howard & Moore ταξινομική και, παρουσιάζονται όλα τα υποείδη που ήσαν αποδεκτά παλαιότερα. (βλ.
