Το Yu-Gi-Oh! Η σειρά περιλαμβάνει ένα εκτεταμένο καστ χαρακτήρων που δημιουργήθηκε από τον Kazuki Takahashi. Η σειρά λαμβάνει χώρα σε μια φανταστική πόλη στην Ιαπωνία που ονομάζεται Domino City, στην οποία προέρχονται οι περισσότεροι από τους χαρακτήρες που εμφανίζονται στη σειρά. Πολλά στοιχεία πλοκής επηρεάζονται επίσης από την αιγυπτιακή και αιγυπτιακή μυθολογία, και ως εκ τούτου, αιγυπτιακοί χαρακτήρες εμφανίζονται επίσης στην ιστορία.
Το πρωτότυπο manga του Yu-Gi-Oh! αφηγείται την ιστορία του Yugi Mutou, ενός ντροπαλού νεαρού αγοριού που λατρεύει κάθε είδους παιχνίδια, αλλά συχνά εκφοβίζεται. Μια μέρα, επιλύει ένα αρχαίο τεχνούργημα γνωστό ως Millennium Puzzle, αναγκάζοντας το σώμα του να φιλοξενήσει ένα μυστηριώδες πνεύμα με την προσωπικότητα ενός παίκτη. Από εκείνη τη στιγμή και μετά, όποτε ο Yugi ή ένας από τους φίλους του απειλείται από εκείνους που έχουν σκοτάδι στην καρδιά τους, αυτό το "Dark Yugi" δείχνει τον εαυτό του και τους προκαλεί σε επικίνδυνα "Shadow Games" που αποκαλύπτουν την πραγματική φύση της καρδιάς κάποιου, οι χαμένοι Αυτοί οι διαγωνισμοί υπόκεινται συχνά σε μια σκοτεινή τιμωρία που ονομάζεται «παιχνίδι ποινών». Καθώς η σειρά εξελίσσεται, ο Yugi και οι φίλοι του (Katsuya Jonouchi, Anzu Mazaki, Hiroto Honda, Miho Nosaka (στη σειρά του 1998) και αργότερα ο Ryo Bakura) μαθαίνουν ότι αυτό το άλλο Yugi μέσα στο παζλ του είναι στην πραγματικότητα το πνεύμα ενός ανώνυμου Φαραώ από αιγυπτιακούς χρόνους που είχαν χάσει τις αναμνήσεις του. Καθώς ο Yugi και οι σύντροφοί του προσπαθούν να βοηθήσουν τον Φαραώ να ξανακερδίσει τις αναμνήσεις του, βρίσκουν τον εαυτό τους να περνάει πολλές δοκιμές καθώς στοιχηματίζουν τη ζωή τους απέναντι σε άλλους που ασκούν τα μυστηριώδη αντικείμενα της Χιλιετίας και τη σκοτεινή δύναμη των Shadow Games.
