Συχνά γίνεται λανθασμένη συσχέτιση των φυκών, με τα ανώτερα φυτά (Αγγειόσπερμα) όπως η Posidonia oceanica, τα οποία ξεβράζονται σε ακτές και παραλίες.
Τα φύκη είναι μια πολυφυλετική κατηγορία οργανισμών, δηλαδή αποτελείται από ταξινομικές ομάδες που δεν είναι άμεσα συγγενικές μεταξύ τους αφού ανήκουν σε διαφορετικά βασίλεια και συνομοταξίες.
Πιο παλιά τα φωτοσυνθετικά βακτήρια κυανοβακτήρια θεωρούνταν και αυτά φύκη. Με την κατάταξή τους όμως εκτός των φυκών, τα φύκη είναι πλέον εξ ορισμού ευκαρυωτικά. Ορισμένα φύκη ανήκουν στο βασίλειο των φυτών, και άλλα στο βασίλειο των πρωτίστων, το οποίο τα τελευταία χρόνια, λόγω της ανάπτυξης της φυλογενετικής ανάλυσης, υφίσταται μεγάλες ανακατατάξεις και αλλαγές, και πιθανό μελλοντικό κατατεμαχισμό σε περισσότερα μονοφυλετικά βασίλεια/κλάδους.
Όπως προαναφέρθηκε τα φύκη και οι υποομάδες τους ανήκουν εξ ορισμού στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς. Με βάση τη συμβατική ονοματολογία των ταξινομικών βαθμίδων οι συνομοταξίες των φυκών έχουν κατάληξη σε «-φυτά» (-phyta) και οι ομοταξίες σε «-φύκη» (-phyceae). Οι κυριότερες ομάδες φυκών κατά μονοφυλετικό βασίλειο ή κλάδο είναι οι ακόλουθες:
Βασίλειο Φυτών (regnum Plantae) (Συμπεριλαμβάνει τις ακόλουθες συνομοταξίες των πράσινων φυκών)
Χλωρόφυτα (συνομοταξία Chlorophyta)
Χαρόφυτα (συνομοταξία Charophyta)
Κλάδος Ροδόφυτα (Rhodophyta)
Κλάδος Γλαυκόφυτα (Glaucophyta)
Κλάδος Απτόφυτα (Haptophyta)
Κλάδος Κρυπτόφυτα (Cryptophyta)
Κλάδος Ωχρόφυτα (Ochrophyta)
Διάτομα (ομοταξία Bacillariophyceae)
Φαιόφυτα (ομοταξία Phaeophyceae)
Χρυσοφύκη (ομοταξία Chrysophyceae)
Κλάδος Κυψελιδωτά (Alveolata) (Συμπεριλαμβάνει ως επί το πλείστον πρωτοζωικούς (μή φωτοσυνθετικούς) οργανισμούς)
Δινομαστιγωτά ή Δινόφυτα ή Πυρρόφυτα (συνομοταξία Dinoflagellata ή Dinophyta ή Pyrrhophyta)
Κλάδος Αυλακωτά (Excavata) (Συμπεριλαμβάνει ως επί το πλείστον μαστιγοφόρους πρωτοζωικούς (μή φωτοσυνθετικούς) οργανισμούς)
Ευγληνοφύκη (ομοταξία Euglenophyceae)
Κλάδος Ριζωτά (Rhizaria) (Συμπεριλαμβάνει ως επί το πλείστον αμοιβαδοειδείς πρωτοζωικούς (μή φωτοσυνθετικούς) οργανισμούς)
Χλωραραχνιοφύκη (ομοταξία Chlorarachniophyceae)
Οι σύγχρονες μελέτες κατατάσσουν τα Χλωρόφυτα (συνομοταξία Chlorophyta) και τα Χαρόφυτα (συνομοταξία Charophyta) στο βασίλειο των πράσινων Φυτών (Plantae ή Viridiplantae) αφού φυλογενετικά είναι οι πιο στενοί συγγενείς των. Επίσης ορισμένοι ερευνητές κατατάσσουν τα Ροδόφυτα (συνομοταξία Rhodophyta) και τα Γλαυκόφυτα (Glaucophyta) στο ευρύτερο βασίλειο των Φυτών (Plantae sensu lato) διότι χαρακτηρίζονται από πρωτογενείς χλωροπλάστες που περιέχουν χλωροφύλλη α και β, αλλά αυτή η ταξινόμηση δεν είναι ευρέως αποδεκτή.
