Εκτός από τα σπήλαια που συναντούμε στη χέρσο υπάρχουν και θαλάσσια σπήλαια. Τα θαλάσσια σπήλαια έχουν ιδιαίτερη ποικιλομορφία και ομαδοποιούνται σε διάφορες κατηγορίες ανάλογα με τα χαρακτηριστικά τους. Με βάση το βαθμό βύθισής τους διακρίνονται σε ημιβυθισμένα, όταν δεν καλύπτονται εξ ολοκλήρου από θαλασσινό νερό και σε βυθισμένα, όταν ολόκληρο το έγκοιλο βρίσκεται κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας. Επιπλέον, ένα θαλάσσιο σπήλαιο μπορεί να περιέχει αποκλειστικά θαλασσινό νερό ή στρωματοποιημένες μάζες θαλασσινού νερού διαφορετικής αλατότητας και αρκετές φορές και γλυκό νερό στο ανώτερο στρώμα. Ένα σπήλαιο με στρωματοποιημένες μάζες νερού ονομάζεται αγχίαλο ή περιθωριακό και μπορεί να βρίσκεται είτε κοντά στην ακτή είτε κάποια χιλιόμετρα μακριά από αυτήν. H δημιουργία ενός θαλάσσιου σπηλαίου γίνεται με δύο τρόπους: είτε εξ αρχής μέσα στη θάλασσα από τη διαβρωτική δράση του νερού και του κυματισμού που πολλές φορές μπορεί να «κουβαλάει» στερεά υλικά που ενισχύουν αυτή τη δράση, είτε το σπήλαιο δημιουργείται πρώτα στη χέρσο (π.χ. με καρστική διάβρωση) και στη συνέχεια με το πέρασμα των γεωλογικών αιώνων και την αύξηση της στάθμης της θάλασσας βυθίζεται.
