Протеинови аминокиселини - аминокиселини, които изграждат протеини, свързващи се помежду си чрез пептидна връзка. Поради позицията на аминогрупата спрямо карбоксилната група те принадлежат към така наречените α-аминокиселини, в които и двете тези групи са свързани с α въглеродния атом на молекулата на аминокиселината. С изключение на ахиралния глицин, това са оптически активни съединения с L конфигурация, т.е. имат аминогрупа от лявата страна на основната верига в проекция на Фишер.
Обикновено се споменават 20 основни (т. Нар. Канонични) протеинови аминокиселини, кодирани от 64 кодона. Някои източници също осигуряват: селенометионин, селеноцистеин и пиролизин. Селеноцистеинът се преобразува в получения протеин, така че това е неканонична аминокиселина, която не се получава от посттранслационни модификации. В резултат на модификация на страничните вериги по време на транслацията се образуват цистин, хидроксилизин, хидроксипролин. Има няколко общи теории, обясняващи защо тези 20 специфични аминокиселини са избрани чрез еволюция. В случай на няколко аминокиселини са известни точните причини, например орнитинът и хомосеринът преминават циклизация, нарушавайки структурата на основната верига, което води до образуването на протеини с кратък полуживот.
