Филмът разказва историята на четирима пингвинови командоси - ексцентричния стратег Ковалски, специалист по експлозивни задачи Рико, най-младият и най-нисък сериал и лидер на групата Skipper. Пингвините се борят срещу тайната организация на Северен вятър, състояща се от полярния вълк на Тайния агент, печатът на зеленина Детонатор, мускулестото плюшено мече ефрейтор и орлова бухал Ева, за да се изправи срещу злия лекар Октавий Мацкевич, който се оказва злият октопод Дейв и иска да унищожи пингвини от цял свят.
