Големият бариерен риф е обитаван от цветни риби, наречени клоун. Един от тях, Марлин, среща трагедия. Хищната риба поглъща съпругата му Корал и почти всички яйца, от които младите риби-клоун трябва да се излюпват всеки ден. Малкият Немо, единственият оцелял син на Марлин, се превръща в смисъл на живота му. Но когато баща му на свръхзащита решава да го изпрати на училище, настъпва друго нещастие: малката риба-клоун се лови извън океана от водолаз и се озовава в аквариум в зъболекарски кабинет в Сидни. Марлин, въпреки че страда от страх от открития океан, се замисля да спаси сина си. Той е придружен от голямата забравима Дора.