У фільмі розповідається про чотирьох пінгвінів-коммандос - ексцентричного стратега Ковальського, спеціаліста з вибухотехніки Ріко, наймолодшого та найнижчого рядового та ватажка групи Шкіпера. Пінгвіни борються з таємною організацією під назвою Північний вітер, що складається з полярного вовка Секретного агента, гренландського тюленя Детонатора, мускулистого ведмедя капрала та філіну Єви, щоб зіткнутися зі злим лікарем Октавієм Мацкевичем, який виявляється злим. восьминіг Дейв, і він хоче знищити пінгвінів з усього світу.
