Proteiner, tidigare ofta äggviteämnen, är organiska ämnen med relativt hög molekylvikt. Tillsammans med kolhydrater, lipider och nukleinsyror utgör proteinerna huvudbeståndsdelen i allt levande. Kemiskt består proteinerna av långa kedjor av aminosyror ihopbundna genom peptidbindningar. Om kedjan består av färre än 50 aminosyror använder man oftast benämningen peptid eller peptidkedja istället för protein. Det finns exempel på proteiner med upp till 27 000 aminosyror. Proteiner och deras beståndsdelar studeras i den del av biokemin som kallas proteinkemi.
De flesta proteiner innehåller även andra beståndsdelar än aminosyresekvenser. De flesta är mer eller mindre glykosylerade, det vill säga de har genomgått en (av flera typer av) posttranslationell modifiering där längre eller kortare kedjor av kolhydrat bundit kovalent till proteinet. Dessa kallas för glykoproteiner. En grupp proteiner som innehåller mycket stora mängder kolhydrat är proteoglykaner.
Proteiner kan även binda andra typer av molekyler till sig, som behövs för att proteinet ska kunna utföra sin uppgift. I de fall då proteinet även innehåller delar som inte är protein, till exempel i hemoglobin som även innehåller en organisk molekyl kallad hemgrupp, benämnes den egentliga proteindelen apoprotein. Andra proteiner kan binda väsentliga beståndsdelar mer eller mindre löst till sig, och kallas då konjugerade proteiner. De benämns i allmänhet efter vad proteinet bundit, till exempel metalloproteiner, fosfoproteiner och lipoproteiner.
Proteinernas betydelse för de levande organismerna beror framförallt på deras komplexa och varierande tredimensionella form och därmed varierande funktion. Proteiner förekommer i praktiskt taget alla cellens olika maskinerier och processer.
Namnet protein användes första gången av den svenske kemisten Jöns Jakob Berzelius i ett brev till dennes holländska kollega Gerardus Johannes Mulder.
