Två namn visas i dokumenten som handlar om byggandet av templet: den av Antonio da Lonate (författare till modellen för katedralen i Vigevano) och den av "magister Tomaxio ingeniero", troligen Tommaso Rodari, den välkända skulptören och arkitekten som är aktiv i Como-katedralen, elev till Giovanni Antonio Amadeo. Den första skulle ha fastställt den centrala planen, för vilken förekomsten av en Bramante-design, "Bramanti secutus exemplar", antogs; den andra skulle ha genomfört de två portalerna västerut och söderut, och kanske den eleganta loggian i trumman under kupolen som liknar lyktan i helgedomen till den välsignade jungfru av miraklerna i Saronno, tillskrivs Amadeo.
Det första omnämnandet av en religiös byggnad tillägnad Santa Maria i Busto Arsizio går tillbaka till cirka 1300: det är frasen "Busti Arsizia. Eccelsia Sancte Marie" i Liber Notitiae Sanctorum Mediolani där kyrkan är en av de 200 marianska kyrkorna i stiftet och av de fem närvarande på Pieve di Olgiate Olonas territorium.
Den antika byggnaden, enligt bevis från sjuttonhundratalet, hade en fyrkantig plan på 5 m på vardera sidan, men det var antagligen redan en 14: e-talets nyinspelning av den ursprungliga byggnaden. Kyrkan, i dess typiska former av romansk arkitektur, invigdes 1346 av en biskop med namnet Francesco, ärkebiskop Giovanni Viscontis delegat. I denna forntida byggnad återstår idag bara stenbrickan överst i nuvarande presbyteriet och som visar Madonna och barnet i en lättnad.
Här 1358 inrättades en kapellan av Antonio Crespi: massorna firades därför varje dag av en präst som valts av Crespi-familjen.
