Den heliga stolen är skild från Vatikanstaten. Vatikanstaten etablerades genom Lateranfördraget 1929, och är världens till ytan minsta stat med ett invånarantal som är färre än tusen personer. Genom sitt säte som biskop av Rom verkar dock påven även som världslig furste över det territorium som utgör denna kyrkliga stadsstat. Som statschef för världens minsta stat har påven en begränsad internationell roll att spela, men som religiös ledare för en sjättedel av världens befolkning är han desto mer betydelsefull. Ambassadörer blir därför ackrediterade till Heliga stolen, och inte till fursten av Vatikanstaten.
Trots att den heliga stolen saknar eget territorium erkänns den ändå som ett internationellt rättssubjekt, och 2009 hade den diplomatiska relationer med 176 stater. Fram till Italiens enande 1870 var påven suverän världslig furste över Kyrkostatens territorium på den italienska halvön, men även efter dess fall fortsatte många stater att behandla den heliga stolen som en suverän entitet.
Heliga stolen är idag medlem i flera internationella organisationer, exempelvis Organisationen för säkerhet och samarbete i Europa, Internationella atomenergiorganet och UNHCR, samt har permanent observatörsstatus i bland annat FN:s generalförsamling, Europarådet, Unesco, Världshandelsorganisationen och FAO. Heliga stolen har även diplomatiska relationer med organisationer som Europeiska unionen och Malteserorden, och speciella diplomatiska förbindelser med den Ryska federationen, samt med PLO. Heliga stolen har som enda internationella rättssubjekt i Europa diplomatiska relationer med Republiken Kina på ön Taiwan, och saknar följaktligen motsvarande förbindelser med Folkrepubliken Kina.