Filmen berättar historien om fyra pingvinkommandos - den excentriska strategen Kowalski, specialist på explosiva uppgifter Rico, den yngsta och lägsta serien och ledaren för Skipper-gruppen. Pingviner kämpar mot den hemliga North Wind-organisationen, som består av Secret Agent's polarwolf, Greenlander Detonator-sälet, den muskulösa nallebjörnen Corporal och Evas örnugla, inför den onda läkaren Octavius Mackiewicz, som visar sig vara den onda bläckfisk Dave och vill förstöra pingviner från hela världen.
