На Большом Барьерном рифе обитают разноцветные рыбы, называемые рыбами-клоунами. Один из них, Марлин, попадает в трагедию. Хищная рыба пожирает свою жену Корал и почти все икры, из которых сейчас должен был вылупиться молодой рыба-клоун. Маленький Немо, единственный выживший сын Марлина, становится смыслом его жизни. Однако, когда его чрезмерно опекающий отец решает отправить его в школу, происходит еще одно несчастье: маленькая рыба-клоун вылавливается из океана водолазом и попадает в аквариум в офисе стоматолога в Сиднее. Марлин, хотя и страдает от страха перед открытым океаном, намеревается спасти своего сына. Его сопровождает великая забывчивая Дора.