В фильме рассказывается история четырех пингвинов-коммандос - эксцентричного стратега Ковальски, специалиста по взрывчатым веществам Рико, младшего и младшего рядового и лидера группы Скипера. Пингвины сражаются с секретной организацией Северный Ветер, состоящей из полярного волка Секретного агента, гренландского тюленя Детонатора, мускулистого медведя Капрала и снежной совы Евы, чтобы сразиться со злым доктором Октавиусом Мацкевичем, который оказывается злым осьминогом. Дэйв и хочет уничтожить пингвинов со всего мира.
