O filme conta a história de quatro comandos de pinguins - o excêntrico estrategista Kowalski, especialista em tarefas explosivas Rico, o mais jovem e mais baixo Serial e o líder do grupo Skipper. Os pinguins estão lutando contra a organização secreta North Wind, que consiste no lobo polar do agente secreto, no selo detonador da Groenlândia, no ursinho de pelúcia Corporal e na coruja de águia, para enfrentar o médico malvado Octavius Mackiewicz, que acaba por ser o polvo do mal Dave e quer destruir pinguins de todo o mundo.
