Depois de várias semanas nas Filipinas, Magalhães havia convertido até 2.200 habitantes locais ao cristianismo, incluindo Rajah Humabon de Cebu e a maioria dos líderes das ilhas ao redor de Cebu.[27] No entanto, Lapulapu, o líder de Mactan,[28] resistiu à conversão.[29][30] A fim de ganhar a confiança de Rajah Humabon, Magalhães navegou para Mactan com uma pequena força na manhã de 27 de abril de 1521. Durante a batalha resultante contra as tropas de Lapulapu, Magalhães foi atingido por uma lança de bambu, e mais tarde cercado e finalizado com outras armas.[33] Antonio Pigafetta e Ginés de Mafra forneceram documentos escritos dos eventos que culminaram na morte de Magalhães: Quando amanheceu, quarenta e nove de nós pulamos na água até as coxas e andamos na água por mais de dois vôos de besta antes de chegarmos à costa. Os barcos não podiam se aproximar por causa de certas pedras na água.
