Já no início do século XX era um renomado astrônomo. Ele iniciou sua militância política na social-democracia neerlandesa e sempre manteve contato com a social-democracia alemã.
Escreveu em vários periódicos social-democratas onde ministrou cursos diversos relacionado aos seus estudos. Na Alemanha, suas teorias exerceram bastante influência política. E, com o desenvolvimento cada vez mais conservador da social-democracia, ele se alia às tendências mais radicais do movimento socialista mundial (Lênin, Rosa Luxemburgo) e forma um grupo oposicionista nos Países Baixos, juntamente com o poeta e militante Herman Gorter.
Com o desenvolvimento da Revolução Russa, Pannekoek irá romper também com o leninismo e, junto com grupos em outros países, irá se opor tanto à social-democracia como também ao bolchevismo. A Social-democracia era vista como uma tendência burguesa que já não tinha mais nada a ver com o marxismo, e o bolchevismo também possuía um caráter semi-burguês, tal como se vê na filosofia de Lênin, inspirada no materialismo burguês e mecanicista do século XVIII.
Na década de 1920, na Alemanha, as lutas dos trabalhadores repetem a formação dos conselhos operários e os partidos políticos de esquerda acabam se colocando contra tais conselhos, o que provoca uma evolução de Pannekoek, Gorter, Otto Rühle Karl Korsch entre outros nos Países Baixos. Na Alemanha, no sentido de realizar uma crítica dos partidos políticos e dos sindicatos, vendo nos conselhos operários o embrião da futura sociedade comunista, bem como sua forma de auto-organização emancipadora no período revolucionário.
Assim, Pannekoek se torna o teórico dos conselhos operários e um dos principais representantes do chamado comunismo de conselhos.
