Siffert era filho de um empresário do ramo de laticínios. Inicialmente começou sua carreira correndo sobre duas rodas, no campeonato suíço de motocicletas de 350cc em 1959, e depois mudando para quatro rodas com um Fórmula Júnior Stanguellini. Carinhosamente chamado de "Seppi" por seus familiares e amigos mais íntimos, Siffert iniciou na Fórmula 1 em 1962 com uma Team Lotus-Coventry Climax de quatro cilindros, mais tarde pilotando para a escuderia de bandeira suíça Filipinetti e em 1964 juntou-se à equipe particular britânica de corrida de Rob Walker (Rob Walker Racing Team).
Em 1968, Siffert entrou para a história da Fórmula 1 ao vencer o Grande Prêmio da Grã-Bretanha em Brands Hatch em uma Lotus 49B da Rob Walker Racing Team, deixando a Ferrari pilotada por Chris Amon em segundo lugar, depois de uma longa disputa.
Enquanto que os bons desempenhos de Siffert na Fórmula 1 aconteciam lentamente, sua fama surgiu rapidamente ao pilotar o carro para a indústria Porsche no Campeonato Mundial de Sportscar. Em 1968, Siffert e Hans Herrmann venceram as 24 Horas de Daytona e as 12 Horas de Sebring em um Porsche 907, conseguindo a primeira grande vitória para a companhia.
Mais tarde, as apresentações de Siffert dirigindo um Porsche 917 foram legendárias, conseguindo ele vencer as principais corridas na Europa. Além disso, Siffert foi escolhido pela Porsche para ajudar a desenvolver o seu programa para a Canadian-American Challenge Cup (CanAm), pilotando um Porsche 917PA spyder em 1969 e terminando em quarto no campeonato apesar das poucas participações.
Em 1970 ele se associou com Brian Redman para pilotar um Porsche 908/3 na vitória em Targa Florio.