Um estuário é um ambiente aquático de transição entre um rio e o mar. Um estuário sofre a influência das marés e apresenta fortes gradientes ambientais, desde águas doces próximos da sua cabeceira, águas salobras, e águas marinhas próximo da sua desembocadura. As zonas entre marés são geralmente constituídas de vazas (lama) ou ostreiras e outras zonas cobertas de sapais e pântanos que são ótimas zonas para o desenvolvimento de espécies aquáticas. Os estuários são áreas de extraordinária produtividade e diversidade biológica. As costas dos Estados Unidos contém aproximadamente 15 150 km² de águas estuarinas. A Baía de Chesapeake, a Baía de San Francisco e Estreito de Puget são todos estuários.
Do ponto de vista da ecologia e da oceanografia, um estuário é uma região semi-fechada do oceano influenciada pelas descargas de água doce de terra, quer seja um ou mais rios, ou apenas da drenagem do continente.
Muitas vezes, usa-se a palavra estuário em contraposição ao delta, onde o rio se mistura com o mar através de vários canais ou braços do delta. No entanto, um delta pode considerar-se também uma região estuarina. Por outro lado, um "mar interior" como o Mar Báltico pode apresentar em toda a sua extensão as características de um estuário.
Há várias formas de estuários, determinadas não só pela geomorfologia da costa, mas também pelas características do(s) rio(s) e das massas de água oceânicas que ali se encontram. Uma destas formas é o rio.
Um aspecto muito importante é que, devido aos nutrientes que as águas de terra transportam, um estuário é geralmente uma região com elevada produtividade biológica. No entanto, devido a ser uma região semi-fechada, sofre particularmente os efeitos da poluição e pode transformar-se num deserto biológico.
