Een vlaggenschip is binnen een vloot het schip waarop de bevelhebber van die vloot is te vinden. Bij een groep oorlogsschepen is dit het schip dat gebruikt wordt door de officier die die groep leidt, vroeger wel vlaggeman genoemd, omdat hij het recht had een commandovlag te voeren. De term wordt ook gebruikt in de koopvaardij en duidt dan op het meest toonaangevende schip van een rederij of een konvooi. Door overdrachtelijk gebruik kan vlaggenschip in het algemeen worden gebruikt om het meest toonaangevende onderdeel of product of van een organisatie aan te duiden.
Bij de marine
De benaming verwijst naar het gebruik dat de bevelvoerend officier, in de regel een zogeheten vlagofficier, een herkenbare vlag hijst. Omdat commando's aan andere schepen vroeger via vlagsignalen werden doorgegeven, moest duidelijk te zien zijn waar die signalen konden worden verwacht. Op deze manier is het "vlaggenschip" iets tijdelijks: het schip waar de bevelhebber van de vloot zich bevindt. Deze schepen hadden echter in de praktijk extra voorzieningen nodig: een ontmoetingsruimte die groot genoeg was om alle kapiteins uit de vloot tegelijk te ontvangen, en een plaats voor de staf om plannen te maken en orders uit te schrijven. In deze zin duidt "vlaggenschip" op blijvende eigenschappen van een scheepstype.
In het tijdperk van de zeilschepen was het vlaggenschip meestal een linieschip van de eerste klasse (een schip met twee of drie geschutdekken).
