De film vertelt het verhaal van vier pinguïncommando's - de excentrieke strateeg Kowalski, een specialist in explosieve taken Rico, de jongste en laagste serielid en de leider van de Skipper-groep. Pinguïns vechten tegen de geheime North Wind-organisatie, bestaande uit de poolwolf van de Secret Agent, het zegel van de Groenlandse Detonator, de gespierde teddybeer Korporaal en de oehoe van Eva, om het op te nemen tegen de kwaadaardige dokter Octavius Mackiewicz, die de kwaadaardige octopus Dave blijkt te zijn en wil pinguïns van over de hele wereld vernietigen.
