この映画は、4つのペンギンコマンドの物語を語っています-風変わりなストラテジストのコワルスキー、爆発物のスペシャリストであるリコ、最年少で最下位のプライベート、そしてスキッパーのグループのリーダーです。ペンギンは、シークレットエージェントのホッキョクオオカミ、デトネーターのグリーンランドシール、コーポラルの筋肉のクマ、イブのスノーイーグルフクロウで構成される秘密組織ノースウィンドと戦い、邪悪なタコのデイブであることが判明した邪悪な医者オクタビウスマッキーウィッツと対峙します。そして彼は世界中からペンギンを破壊したいと思っています。