この映画は、4つのペンギンコマンドの物語を語っています。エキセントリックなストラテジストのコワルスキー、爆発物のスペシャリストであるリコ、最年少で最下位のプライベート、そしてスキッパーのグループのリーダーです。ペンギンは、シークレットエージェントのホッキョクオオカミ、デトネーターのグリーンランドのアザラシ、コーポラルの筋肉のクマ、イブのスノーイーグルフクロウで構成されるノースウィンドと呼ばれる秘密組織と戦い、邪悪な医者オクタビウスマッキーウィッツと対峙します。タコデイブ。そして彼は世界中からペンギンを破壊したいと思っています。