グレートバリアリーフには、カクレクマノミと呼ばれる色とりどりの魚が生息しています。そのうちの一人、マーリンは悲劇に遭遇します。略奪的な魚は彼の妻、コーラル、そして若いカクレクマノミが今いつでも孵化することになっていたほとんどすべての卵をむさぼり食います。マーリンの唯一の生き残った息子であるリトルニモは、彼の人生の意味になります。しかし、彼の過保護な父親が彼を学校に送ることを決定したとき、別の不幸が起こります：小さなカクレクマノミはダイバーによって海から釣り上げられ、シドニーの歯科医院の水族館に行き着きます。マーリンは外洋への恐怖に苦しんでいるが、息子を救うために出発した。彼は偉大な忘れられたドラを伴っています。