Essi discendono dagli antichi abitanti semiti stanziati nella Samaria. I samaritani professano il Samaritanesimo, una religione abramitica strettamente correlata all'ebraismo; basano le loro credenze sulla loro Torah e affermano che la loro venerazione per il Dio biblico è l'autentica religione professata dagli israeliti prima del loro esilio a Babilonia, conservatasi grazie ai pochi che erano rimasti in Terra Santa, ed opposta a quell'ebraismo antico (e contemporaneo) che considerano modificato e alterato dagli israeliti tornati da Babilonia.
Ancestralmente, i samaritani dicono di essere i discendenti delle tribù israelite di Efraim e Manasse (due figli di Giuseppe) e dai sacerdoti leviti, i quali hanno rapporti con l'antica Samaria dai tempi dell'entrata in Canaan, mentre altri suppongono che si parta dall' esilio babilonese fino al regno samaritano di Baba Rabba. Il termine "samaritano" comunque non deriva dal fatto che i samaritani abitino in Samaria, ma dall'ebraico shamerim (שַמֶרִים), cioè "custodi (della Legge )".
Da un punto di vista strettamente storico i samaritani sono i discendenti di quanti, fra le popolazioni israelitiche delle nove tribù del regno settentrionale di Israele, rimasero sul posto al momento della deportazione delle élite urbane esiliate dagli Assiri (Sargon II si vanta in una sua iscrizione di avere deportato dalla regione in tutto 27.290 persone, quindi palesemente non l'intera popolazione ). Questa popolazione di "rimasti", si fuse nel corso dei secoli con una parte delle popolazioni pagane a loro volta deportate in Israele.
Tra gli ebrei era diffusa l'opinione che solo i discendenti delle tribù del Regno di Giuda (Giuda, Beniamino, Levi, Simeone) erano "veri" e "puri" ebrei dopo l' Esilio babilonese, mentre i samaritani discendevano esclusivamente dagli stranieri pagani deportati in Israele nel 722 a.C. per sostituire le popolazioni ebraiche totalmente deportate.La visione biblica contrasta però con la persistenza nei territori dell'ex Regno di Israele, anche durante il periodo esilico, sia della cultura materiale esistente prima della conquista assira (il che indica che le popolazioni erano le stesse), sia soprattutto del culto di Yahweh (peraltro considerato "illegittimo" dai compilatori dei libri biblici post-esilici).
La Bibbia spiega tale persistenza con una visione divina che aveva insegnato ai popoli pagani nuovi arrivati il culto yahwista, dopo la totale scomparsa degli ebrei dal paese.
Ovviamente da un punto di vista strettamente storico si trattò invece di un classico fenomeno di assimilazione dei nuclei stranieri da parte delle popolazioni già esistenti in luogo, numericamente prevalenti.
