La congregazione venne fondata da Giovanni Bosco (1815-1888): secondo dei figli di Francesco e Margherita Occhiena, modesti agricoltori, perse giovanissimo il padre e, all'età di sedici anni, iniziò a studiare a Chieri per diventare sacerdote. Venne ordinato prete il 6 luglio 1841 dall'arcivescovo di Torino Luigi Fransoni e per i tre anni successivi soggiornò nel capoluogo piemontese dove perfezionò la sua formazione teologica presso il Collegio ecclesiastico.Grazie all'amicizia con don Giuseppe Cafasso, suo conterraneo, don Bosco conobbe la drammatica realtà delle carceri giovanili. In quegli anni Torino stava conoscendo un periodo di rapida industrializzazione e molti giovani si trasferivano dalle aree rurali in città per cercare lavoro: l'8 dicembre 1841 diede inizio alla sua opera educativa in favore dei giovani iniziando a insegnare il catechismo a un apprendista muratore presso la chiesa di San Francesco. I ragazzi da lui seguiti divennero presto quasi duecento.Inizialmente la marchesa di Barolo mise a disposizione di don Bosco e dei sacerdoti che collaboravano con lui dei locali presso il suo "Rifugio", una casa di accoglienza per ragazze "pericolanti" e "traviate": il 12 aprile 1846 l'opera trovò una sede stabile nella tettoia messa a disposizione da Francesco Pinardi a Valdocco. La tettoia divenne anche un centro per l'assistenza ai senzatetto e per i servizi domestici don Bosco fece giungere da Chieri sua madre, che collaborò all'opera del figlio fino alla sua morte, avvenuta nel 1857.Don Bosco dedicò il suo oratorio a san Francesco di Sales (da cui poi il nome della congregazione), in onore del quale il 20 giugno 1852 venne eretta la prima chiesa della compagnia: il vescovo di Ginevra venne scelto come patrono dell'opera sia perché era uno dei santi più venerati del Piemonte, sia perché incarnava i principi di amorevolezza, ottimismo e umanesimo cristiano che erano fondamento del sistema pedagogico di don Bosco.Per assicurare una buona formazione e la possibilità di trovare un lavoro ai suoi giovani, don Bosco eresse laboratori per apprendisti, una scuola serale, un ginnasio e una tipografia.
Il 26 gennaio 1854 don Bosco riunì quattro collaboratori per gestire l'opera.Il ministro liberale Urbano Rattazzi diede al fondatore alcuni suggerimenti importanti per la struttura organizzativa della sua opera: Rattazzi propose di non dare all'istituto un carattere apertamente religioso, ma di creare di un'associazione di liberi cittadini che collaborassero volontariamente al bene della gioventù povera e abbandonata, i cui membri conservassero i diritti civili e, se sacerdoti, portassero la veste del clero secolare; suggerì inoltre che coloro che detenevano degli uffici fossero chiamati con nomi profani come ispettore o direttore.Nel 1858 don Bosco venne ricevuto a Roma da papa Pio IX che ne incoraggiò l'opera. Il 18 dicembre 1859 il fondatore e i suoi primi compagni si raccolsero nella nuova società religiosa impegnandosi a costituire una congregazione per promuovere la gloria di Dio e la salvezza delle anime più bisognose di istruzione e di educazione: la professione dei voti pubblici di povertà, obbedienza e castità da parte dei primi ventidue membri ebbe luogo il 14 maggio 1862.Per ottenere il riconoscimento pontificio dell'istituto, il fondatore inviò presso la Santa Sede la regola da lui abbozzata e una lettera di raccomandazione firmata da cinque vescovi (non quello di Torino, in quanto l'arcivescovo Luigi Fransoni era morto esule a Lione e la sede era vacante: il vicario capitolare Giuseppe Zappata aveva però promesso il riconoscimento diocesano). La Società Salesiana ricevette il pontificio decreto di lode il 23 giugno 1864.Poiché la congregazione non aveva ancora ricevuto il pieno riconoscimento della curia diocesana torinese, i salesiani non vennero però autorizzati a rilasciare le lettere dimissorie, cioè il permesso per i candidati al sacerdozio formati dalla comunità a essere lecitamente ordinati da un vescovo. Il nuovo vescovo, Alessandro Riccardi di Netro, si mostrò ostile all'opera di don Bosco e rifiutò l'ordine agli aspiranti che non avessero frequentato il seminario diocesano; anche Lorenzo Gastaldi, successore di Riccardi di Netro, cercò di impedire che l'opera di don Bosco venisse sottratta alla giurisdizione della curia torinese.Don Bosco decise di trattare l'approvazione del suo istituto direttamente con la congregazione per i Religiosi che modificò sensibilmente le costituzioni redatte dal fondatore ma consentì al papa di approvarle definitivamente il 3 aprile 1874.Solo il 28 giugno 1884 la Società Salesiana ottenne dalla Santa Sede il privilegio dell'esenzione.
