Un microrganismo è un organismo vivente avente dimensioni tali da non poter essere visto a occhio nudo (minori di 0,1 mm), essenzialmente esseri unicellulari appartenenti ai regni di protisti, monere e funghi. I virus e i viroidi, pur contenendo DNA o RNA, non sono considerabili microrganismi, in quanto non sono organizzati in cellule, non sono dotati di vita autonoma e non possono replicarsi da soli.
L'esistenza dei microrganismi venne dunque scientificamente accertata solo con l'avvento del microscopio anche se il sospetto dell'esistenza di una qualche forma di vita invisibile era supportato dalla infinita varietà di malattie e infezioni che questi comportano in tutti gli esseri viventi (dal batterio all'uomo).
Dalla nascita della microbiologia (la scienza che si occupa dei microrganismi) a oggi si sono sviluppate numerose raffinate tecniche di caratterizzazione per investigare la natura dei microrganismi presenti in un determinato substrato.
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