La digestione è una frammentazione di tessuti biologici e molecole complesse (polimeri o trigliceridi) in molecole più semplici (monomeri), una prima forma che conduce al catabolismo senza la contemporanea liberazione d'energia in eccesso come energia chimica. Comprende sia i processi digestivi propri dell'apparato digerente nei metazoi, sia la digestione all'interno della cellula, ad esempio nei vacuoli digestivi, nell'ambito della fagocitosi, la digestione di molecole complesse come la lignina da parte di funghi come gli ascomiceti, ed in generale a di degradazione a scopo metabolico, compresa quella effettuata dalle piante carnivore per procurarsi elementi minerali essenziali, come l'azoto da fissazione biologica assente nei terreni da loro abitati, dalla digestione dalle molecole complesse di piccoli organismi animali.
I sistemi digestivi possono assumere molte forme. Vi è una possibile distinzione fondamentale in primis tra digestione da parte di organismi unicellulari (dove non vi sono organi preposti, ma solo organelli e vie metaboliche), e poi tra la digestione interna ed esterna. La digestione esterna è originariamente più primitiva, e la maggior parte dei funghi fa ancora affidamento su di essa. In questo processo, gli enzimi vengono secreti nell'ambiente circostante l'organismo, dove possono scindere parte del materiale organico e alcuni dei prodotti retro-diffondere per l'utilizzo da parte del fungo. Successivamente, i sistemi più evoluti nel processo di digestione li troviamo negli animali, a poter formare un ambiente interno, come il tubo digerente in cui si verifica la digestione interna, più efficiente perché più prodotti scissi in molecole assorbibili possono essere catturati in toto o selettivamente, e l'ambiente chimico interno può essere più efficacemente controllato.
Alcuni organismi, tra cui quasi tutti i ragni, praticano una predigestione esterna: secernono biotossine e prodotti chimici digestivi come enzimi nell'organismo predato prima dell'ingestione della conseguente "zuppa" di prodotti predigeriti.
