Nata come "Reale accademia di disegno ", si tratta di una delle più antiche accademie europee che ha visto il passaggio di numerosi pittori divenendo così punto di riferimento della pittura napoletana dell'Ottocento.
Nel 1752, Carlo III di Borbone istituì le reali accademie del disegno e del nudo, presso i laboratori regi. Sede delle Accademie era il complesso conventuale della chiesa di San Giovanni Battista delle Monache fondato ed eretto nel 1597 a spese del nobile Francesco del Balzo a seguito della monacazione della figlia.
Nel 1864 furono trasferite prima al Regio Palazzo degli Studi (divenuto nel XXI secolo museo archeologico nazionale) e poi alla sua sede attuale di via Santa Maria di Costantinopoli sorta a seguito della trasformazione del precedente complesso conventuale progettata da Errico Alvino. A seguito di questi lavori il chiostro del convento, detto di san Giovanniello, venne separato dalla chiesa di San Giovanni Battista delle Monache con la costruzione di via conte di Ruvo e inglobato sul lato occidentale nel nuovo edificio ; tale intervento ne ridusse le dimensioni.I lavori che ebbero luogo per poter ospitare l' Accademia si inserivano in un piano di intervento urbanistico volto a riorganizzare l'area del Museo archeologico, della galleria Principe di Napoli e di via Port' Alba. Inoltre, assieme al conservatorio di San Pietro a Majella, al già menzionato Museo e al teatro Bellini, l'area era destinata a diventare ancor più un " polo delle arti".
Il complesso fu duramente colpito dai bombardamenti durante la seconda guerra mondiale e l' Accademia chiuse i battenti fino al 1942. Quando riaprì, la sua organizzazione restava ancorata ai canoni della riforma Gentile e ciò cozzava fortemente con il rinnovamento della società italiana. In seguito agli eventi del "Sessantotto" l' attività dell' Accademia venne nuovamente interrotta.
