Dopo diverse settimane nelle Filippine, Magellan aveva convertito al cristianesimo fino a 2.200 locali, tra cui Rajah Humabon di Cebu e la maggior parte dei leader delle isole intorno a Cebu.[27] Tuttavia, Lapulapu, il leader di Mactan,[28] resistette alla conversione.[29][30] Al fine di ottenere la fiducia di Rajah Humabon, Magellan salpò per Mactan con una piccola forza la mattina del 27 aprile 1521. Durante la conseguente battaglia contro le truppe di Lapulapu, Magellan fu colpito da una lancia di bambù e in seguito circondato e finito con altre armi.[33] Antonio Pigafetta e Ginés de Mafra hanno fornito documenti scritti degli eventi culminati con la morte di Magellano: Quando venne il mattino, quarantanove di noi saltarono in acqua fino alle cosce e camminarono attraverso l'acqua per più di due voli con la balestra prima di poter raggiungere la riva. Le barche non potevano avvicinarsi a causa di alcuni scogli nell'acqua.
