A film négy pingvin-parancsnok történetét meséli - Kowalski excentrikus stratégiáját, a Rico robbanásveszélyes feladatokra szakosodott szakembert, a legfiatalabb és legalacsonyabb sorozatot, valamint a Skipper csoport vezetőjét. A pingvinek a titkos ügynök sarki farkasából, a Greenlander Detonator fókaból, az izmos mackó tizedesből és az Eve sas baglyából álló titkos északi szélerőmű szervezettel harcolnak, hogy szembenézzenek a gonosz orvos, Octavius Mackiewicz-szel, aki kiderül, hogy a gonosz polip Dave és el akarja pusztítani a pingvineket a világ minden tájáról.
