Danganronpát a főszereplő, Makoto Naegi szemszögéből mutatják be, aki az elittanulók képzéséről híres Hope's Peak magánakadémián kezd új évet, akinek az akadémia elvégzése után nagy jövő biztosított. Ezek a diákok megkapják az „Ultimate Student” címet. Az iskola azonban minden évben sorsolást tart az ország összes átlagos diákja között, akit véletlenszerűen választanak ki, és bekerül az akadémiára, mint a „Szuper középiskolai szintű jó szerencsét” (Ultimate Lucky Student) – Makoto Naegi az egyikük..